库存问题。在电子商务环境下的供应链管理中用信息代替库存，也就是企业持有的是“虚拟库存”而不是实物库存，只有到供应链的最后一个环节才交付实物库存，那样可以大大降低企业持有库存的风险。但是，这些“虚拟库存”如何应对随机的市场即时需求，库存的“实效性”问题受到考验。
电商企业的供应链中，没有生产制造环节但多了个配送环节，所以除了供应商关系外，其核心基本就是仓储、物流部分。在某种程度上，电商的供应链甚至可以等同于物流管理，它也是决定每单履约成本的关键所在。
配送战略问题：在供应链管理中配送战略也非常关键。所谓直接转运战略就是指在这个战略中终端渠道由中央仓库供应货物，中央仓库充当供应过程的调节者和来自外部供应商的订货的转运站，而其本身并不保留库存。而经典配送战略则是在中央仓库中保留有库存。
大部分电商企业的货源都是来源于多个供应商，供应商的管理水平和工作效率参差不齐，是导致库存异常问题的源头因素。目前一些电商企业的供应商普遍存在以下的问题： （1）供应商不能按照约定时间发货，严重影响仓库的收货及时性以及预先制定的销售计划。
电子商务环境下供应链管理存在的问题 （一）企业的观念问题 在我国，由于经济原因的限制，占统治地位的仍是传统的计划经济思想，企业的核心业务没有其独具特色的一面，企业虽然各种职能兼备，但是都中庸平常，不能为企业带来巨大利润的核心业务支撑。
提升顾客体验和忠诚度：电子商务配送问题可能会对顾客的购物体验和忠诚度产生负面影响。通过研究和解决配送问题，可以提供更加便捷、快速、安全的配送服务，从而提高顾客的满意度和忠诚度，增强品牌形象。优化供应链管理和降低库存成本：配送问题可能会影响供应链管理和库存成本。
库存控制问题：库存控制问题包括：一个终端渠道对某一特定产品应该持的库存量、终端渠道的订货量是否应该大于、小于或等于需求的预测值、终端渠道应该采用多大的库存周转率、终端渠道的目标在于决定在什么点上再订购一批产品，以及为了最小化库存订购和保管成本，应订多少产品等。
供应链库存管理存在的问题主要有以下几个原因：信息不透明：由于供应链中的信息不对称，各个环节之间缺乏充分的信息共享和互通，导致难以了解库存情况，难以进行有效的库存管理。
信息流通渠道不通畅，信息的传递不及时，使得传递内容失真。供应链管理的整个过程都有赖于系统内部信息的高度准确的传递，供应链上信息传递的不及时和失真就会带来一系列的问题。比如说牛鞭效应，这种现象的后果就是制造商产品的库存堆积如山，产品成本提高，最后就会减少企业的生存期。
没有供应链的整体观念 对用户服务的理解与定义不恰当 供应链管理的绩效好坏应该由用户来评价，或者用对用户的反应能力来评价。但是，对用户的服务的理解与定义各不相同，导致对用户服务水平的差异。
缺乏实时性：供应链中的信息如果不能及时获取和传递，可能会导致反应速度慢、处理延迟和效率低下的问题。特别是在面临异常情况或需求变化时，缺乏及时的信息反馈可能导致错失商机或无法及时调整供应链计划。不确定性管理不足：供应链中存在各种不确定性因素，如市场需求波动、供应延迟、质量问题等。
价格波动：价格的波动也会导致需求的不稳定，进而放大牛鞭效应。为了避免牛鞭效应，可以采取以下措施： 信息共享：通过信息技术，将市场需求信息及时传递给供应链的各级企业，使各级企业能够根据市场需求来确定订单的大小和安全库存。
由于各级需求变化的不断放大，导致了安全库存沿供应链向上游增大而累积了大量超过市场需求的库存。控制“牛鞭效应对大幅度减少库存（安全库存）有着决定性的影响。
牛鞭效应是指随着需求信号在供应链上游传递时，需求波动逐渐放大的现象，导致安全库存大幅增加。除了批量订购引发的牛鞭效应外，供货提前期和价格波动也会对其产生影响。 由于各级需求信号的不断放大，导致安全库存沿着供应链不断积累，超出市场实际需求量。